Die Evaluation war in eine Ex-post-Evaluation mit einer Portfolio- und einer Wirkungsanalyse und in eine Ex-ante-Evaluation gegliedert. In der Ex-post-Evaluation wurde das Portfolio der 36 Fördermaßnahmen daraufhin untersucht, ob es so konzipiert war, dass damit die Ziele der NFSB erreicht werden können. Zudem wurden Bioökonomiestrategien von fünf Vergleichsländern (Frankreich, Niederlande, Schweden, USA, Japan) auf Gemeinsamkeiten und Unterschiede zur NFSB geprüft. Den Kern der Wirkungsanalyse bildete eine als Totalerhebung konzipierte Online-Befragung bei allen Projektleitungen von 1.754 geförderten Projekten; die Beteiligungsquote betrug 54,4 Prozent. Ergänzend wurden Fallstudien zu zehn verschiedenen Fördermaßnahmen durchgeführt. In die Ex-ante-Evaluation wurden zusätzlich zu den bereits Geförderten auch 789 Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler einbezogen, die einen fachlichen Bezug zur Bioökonomie aufweisen, aber noch nicht im Rahmen der NFSB gefördert wurden. Sie wurden in einer Online-Befragung nach Impulsen aus ihrem eigenen Forschungsgebiet gefragt, die Relevanz für die Bioökonomie haben könnten (Beteiligungsquote 28,4 %). Zudem wurden 16 ausführliche Interviews mit Expertinnen und Experten geführt.
Insgesamt konnten durch diese Untersuchungsschritte und die in den Befragungen erzielten hohen Beteiligungsquoten ein umfassendes Bild der Wirkungen der BMBF-Bioökonomie-Projektförderung gezeichnet und die Einschätzungen von rund 1.200 Wissenschaftlerinnen, Wissenschaftlern und Stakeholdern mit Bezug zur Bioökonomie für die Weiterentwicklung der Forschungsstrategie ausgewertet werden. Damit fußen die Empfehlungen für die Weiterentwicklung der Bioökonomie-Forschungsstrategie auf einer belastbaren empirischen Basis.