Das Gutachten der Expertenkommission Forschung und Innovation stützt sich auf eine breite empirische Basis. Dazu gehören die im Auftrag der Expertenkommission erarbeiteten »Studien zum deutschen Innovationssystem«. Diese Innovationsstudien werden unter Herausgeberschaft der Expertenkommission im Rahmen der Reihe »Studien zum deutschen Innovationssystem« veröffentlicht.
Nachstehend finden sich die Veröffentlichungen mit Beteiligung des Fraunhofer ISI.